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晶體日記(十七)- 從孿晶的squeeze能學(xué)到什么- X射線衍射XRD

更新時間:2024-08-28點擊次數(shù):592

各種原因,好久沒更新了,有些疲憊。不過聽了很多老師的話,我還是打算重啟繼續(xù)。不為了改變什么,純粹自娛自樂也未嘗不可。現(xiàn)在就聊一點輕松的,關(guān)于學(xué)習(xí)方式的話題吧。

關(guān)于自動化的感悟

關(guān)于自動化,我始終持保留態(tài)度,不管你怎么跟我爭論它有多么“傻瓜"。目前的自動化,我大多看不上眼,因為“自動化"并沒有減輕我的工作量,反而讓我疲于解釋各種基礎(chǔ)的不能再基礎(chǔ)的問題。我理解的自動化的意義應(yīng)該是讓人從冗繁無意義的重復(fù)勞動中解決出來,而不是代替人去做基本的思考和學(xué)習(xí)。人應(yīng)該站在比自動化更高的程度上,而不是依賴自動化或者被自動化所控制。不幸的是,在晶體學(xué)里,我們有太多的同學(xué)們的知識水平甚至沒有超過APEX4/5 -Structure Now。

現(xiàn)在流行的AI也是同樣,我始終堅持它不應(yīng)該取代人的思考,而應(yīng)該是促進(jìn)我們的工作效率,讓我們做事的能力,達(dá)到更高的高度。所以我希望的AI是這樣(鋼鐵俠的助手賈維斯):

而不是這樣:

當(dāng)然,這條路還很遠(yuǎn),不只是技術(shù)層面。因為人人都想要一個賈維斯,但我們卻不是鋼鐵俠。
主動尋找答案

回到晶體學(xué)里的話題。舉個例子來說,如果自動化不會拐彎,我們應(yīng)該怎么來學(xué)習(xí)新的知識。近期還是不斷有人問我“Squeeze“"的問題,主要集中在遇到孿晶問題,無法Squeeze。我不知道大家對于Squeeze是怎么理解的。曾經(jīng)寫過關(guān)于Squeeze的一些常識。但是很多人并不關(guān)心常識,總覺得這就是個操作,一鍵完成,有殘余的Q峰就可以Squeeze掉…然而即便是對于操作,也需要認(rèn)真一點,并不是一招解決所有問題(抱歉,我又忍不住想吐槽了)。我依舊堅持讓所有的學(xué)生遇到問題不是卡在那里,四處詢問,而是應(yīng)該自己尋找答案。而這個答案一直在很明顯的位置…

按照普通的操作步驟,在用Platon進(jìn)行孿晶的Squeeze時,確實卡住了,會出現(xiàn)下面的話(當(dāng)然一些軟件里“故意"不顯示后臺的過程,這句話你也許也看不到):

可是對于很多同學(xué),下面的話卻被選擇性忽略了:

很明顯,PLATON已經(jīng)告訴我們Squeeze所需要的數(shù)據(jù)文件組合形式。對于孿晶,我們需要新的SHELXL\XL產(chǎn)生的CIF,以及LIST 8 產(chǎn)生的FCF(Structure factor)文件。也就是我們需要將.ins文件中的LIST 指令按照需要去更改。然而問題又出現(xiàn)了,很多同學(xué)并不知道LIST指令在哪里,更不要說知道LIST指令的作用是什么了。(不管用的什么軟件,用寫字板可以打開.ins文件這個常識應(yīng)該是有的…)。具體LIST的指令什么作用?在shelxle里,鼠標(biāo)放在那里就有解釋,按下F1就直接跳轉(zhuǎn)到了SHELX相應(yīng)的位置,一目了然。(別告訴我你看不懂英語,看別人消化過的二手知識不見得一定是對的,所以我堅持讓同學(xué)們自己看,自己悟)。

細(xì)究下來,我們會看到LIST 不同的數(shù)字可以產(chǎn)生不同的.fcf文件。一般常用的LIST 4 生成標(biāo)準(zhǔn)的.fcf 文件。LIST 6 產(chǎn)生包含相位的.fcf文件,可用以生成相應(yīng)的電子云圖。LIST 8 則可以包含de twin的信息。當(dāng)然上只有public 版本的信息,APEX4/5 的結(jié)構(gòu)精修還有專門的LIST 11用于IDEAL精修時產(chǎn)生deformation的電子云圖,展示成鍵電子和孤對電子對電子云的影響。如下圖所示:

這時候,會看起來扯的越來越遠(yuǎn),好像跟Squeeze并沒有什么關(guān)聯(lián)了。不過這就是在做一件簡單的事情時,不斷探索的過程。

如果你成功找到了答案,那么通常修改LIST 8是需要做的一個步驟,孿晶的Squeeze和普通單晶數(shù)據(jù)的Squeeze并無差別。然而這里的孿晶數(shù)據(jù)指的是有著標(biāo)準(zhǔn)的孿晶法則的贗缺面孿晶和缺面孿晶(HKL4 and TWIN LAW),以及經(jīng)過恰當(dāng)孿晶處理的非缺面孿晶的HKL5文件。很多人眼里的孿晶—倒反孿晶or 外消旋孿晶,跟這個并無關(guān)系。(至于這些孿晶的分類是怎么回事,那就繼續(xù)去讀關(guān)于孿晶的知識吧)。另外很多同學(xué)就是不喜歡學(xué)習(xí)處理孿晶,更喜歡用PLATON給出的非缺面孿晶的“TWIN LAW“"加入到了.ins文件,或者通過一些軟件 (PLATON,OLEX2..)模擬產(chǎn)生了HKL5。且不管精修結(jié)果如何,這時候去做Squeeze大概率會碰到缺失STRUCTURE FACOR無法精修的問題… 這樣的操作本身就是在偷懶,那下一步PLATON也幫不上什么。

我始終覺得這樣的問題,不應(yīng)該有那么多人來問問題。答案在很顯眼的位置,通過簡單的摸索就可以找到解決問題的方法,甚至在這個過程中可以學(xué)習(xí)到很多額外的知識。我不知道未來的AI會把晶體學(xué)帶向何處,樂觀的想可能以后會輕松很多,可以省下很多時間學(xué)習(xí)新的知識。悲觀的想可能以后是不是會失業(yè),晶體學(xué)工具化被AI接管。但是不管怎么樣,我始終堅持自主學(xué)習(xí)的過程遠(yuǎn)比直接獲得的答案重要的多。

-轉(zhuǎn)載于《布魯克X射線部門》公眾號

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